Название: Экспериментальные методы в биофизике Автор: Нечипуренко Д.Ю. Издательство: М.: Изд. МГУ им. М.В. Ломоносова Teach-in Год: 2022 Формат: pdf Страниц: 192 Размер: 19 mb Язык: русский
Конспект лекций по курсу "Экспериментальные методы в биофизике".
Вступление. Методы исследования Секвенирование - NGS (next Generation Sequencing). Метод Induced Pluripotent Stem cells (PS cells). Метод Optogenetics. Метод Genome Editing with Engineered Nucleases. Метод CRISPR-Cas9. Перспективные методы. Рентгеноструктурный анализ. Структура ДНК. Первая структура белка. Кристаллизация мембранных белков. Картина дифракции от белкового кристалла. Расчет электронной плотности в элементарной ячейке кристалла. Кристалл и рентгеновское излучение. Открытие одной щели: вид картины дифракции. Оптика с точки зрения Фурье-подхода. Периодическая картина (дифракционная решетка). Взаимодействие кристалла с рентгеновским излучением. Элементарная ячейка кристалла. Методы решения фазовой проблемы. Решение фазовой проблемы. Однократное и многократное изоморфное замещение. Однократная и многократная аномальная дисперсия. Молекулярное замещение. Фемтосекундная нанокристаллография. Нейтронография. Взаимодействие нейтронов с веществом. Основные свойства рассеяния нейтронов ядрами. Работа с нейтронографией. "Проблемный" гистидин. Взаимодействия в протеазе. Нанобиоинженерия. Оптическая система электронного микроскопа. Источники электронов. Виды электромагнитных линз. Аберрация. Особенности взаимодействия электронов с образцом. Фазовое контрастирование. Фазовое контрастирование в ЭМ. Анализ отдельных изображений. Просвечивающая электронная микроскопия. Классические методы увеличения контраста. Основные методы восстановления 3D структуры с помощью ЭМ. Сортировка по ориентациям и построение 3d-модели. Microcrystal electron diffraction (MicroED). Криоэлектронная томография. Классическая электронная микроскопия тканей. Сравнение кристаллографии и криоэлектронной микроскопии. Сканирующий электронный микроскоп. Контрасты в изображениях СЭМ. Излучающая область. Метод Монте-Карло. Классификация подходов в СЭМ. Регистрация вторичных электронов. Масс-спектрометрия. Принцип работы масс-спектра. Типичный масс-спектр. Применение МС. Методы ионизации. Типы масс-анализаторов. Квадрупольный масс-фильтр. Ионные ловушки. Ионно-циклотронный резонанс. Изучение сворачивания белков с помощью масс-спектрометрии. Комплексные исследования. Таргетный анализ протеома. Методы фрагментирования ионов белковых молекул. Таргетный анализ протеома. СyTOF: масс-цитометрия. Флуоресцентная микроскопия. Флуоресценция. Диаграммы Яблонского. Спектры поглощения и эмиссии флуоресценции. Базовые характеристики флуоресценции. Флуоресцентный микроскоп. Сравнение конфокальной и широкополосной микроскопии. TIRF микроскопия - регистрация флуоресценции. Флуоресцентные красители. Наиболее важные параметры флуорофоров. Режимы работы в рамках классической микроскопии (FRAP, FLIM, FRET). Популярные FRET пары. TIRF + FRET: HIV reverse transcriptase dynamics during interaction with template. Силовая спектроскопия с помощью ДНК оригами при постоянной силе. FRET-based force sensor. Главные положительные особенности мультифотонной микроскопии. Мониторинг физиологических процессов в клетках и тканях. Конфокальный vs двухфотонный микроскоп. Микроскопия суперразрешения. Проблема в классической оптике. STED (stimulated emission depletion). Конечная формула преодоления дифракционного барьера. Основные причины «мигания» флуоресцентных молекул. 3D STORM. Микроскопия световых «листов». MINFLUX. Выводы об основных режимах. Оптическая микроскопия. Работа в проходящем свете. Работа в проходящем свете (общая информация). Работа микроскопа. Сопряжённые плоскости в оптической системе. Принципы освещения: настройка по Кёлеру. Метод тёмного поля. Метод дифференциально-интерференционного контраста. Метод IRM. Цифровая голографическая микроскопия.
Математические модели электродинамики Название: Математические модели электродинамики Автор: Ильинский А.С., Кравцов В.В., Свешников А.Г. Издательство: Москва: Высшая школа Год: 1991...
Genome Editing Название: Genome Editing Автор: Kursad Turksen Издательство: Springer Год: 2018 Формат: PDF Размер: 5 Мб Язык: английский / English This timely...
Численные методы в задачах дифракции Название: Численные методы в задачах дифракции Автор: Т.Н. Галишникова, А.С. Ильинский Издательство: Московского Университета Год: 1987 Формат: djvu...
Прямые методы в математической физике Название: Прямые методы в математической физике Автор: Михлин С.Г. Издательство: М.; Л.: Гос.изд-во технико-теоретической литературы Год: 1950...
Как растут кристаллы Название: Как растут кристаллы Автор: Шубников А.В. Издательство: М.; Л.: Издательство академии наук СССР Год: 1935 Формат: pdf Страниц: 176 Размер:...
Методы палеогеографических исследований Название: Методы палеогеографических исследований Автор: Малолетко А.М. Издательство: Томск Год: 2010 Формат: djvu Страниц: 100 Размер: 49 mb Язык:...
Анализ и расчет электрических и магнитных полей Название: Анализ и расчет электрических и магнитных полей Автор: Бинс К., Лауренсон П. Издательство: М.: Энергия Год: 1970 Формат: pdf Страниц: 376...